Początkowo "Let It Be" był kręcony na potrzeby telewizji na taśmie 16 mm. Gdy zdecydowano o jego dystrybucji kinowej, część zdjęć powiększono, by spełniały wymogi taśmy 35 mm. W związku z tym w wielu scenach głos nie jest zsynchronizowany z obrazem, jak np. podczas prób piosenki "I've Got a Feeling", gdy słychać śpiew Johna Lennona i jego rozmowę z Paulem McCartneyem, ale usta muzyka się nie poruszają. Kolejnym skutkiem tego zabiegu jest kompozycja kadru, spowodowana koniecznością obcięcia jego górnej i dolnej krawędzi.
Zdjęcia do filmu były kręcone w Londynie (Anglia, Wielka Brytania).
Istniały plany, by kończącą film scenę koncertu nakręcić w rzymskim amfiteatrze w Afryce Północnej. Kolejnym pomysłem był występ na pokładzie płynącego transatlantyku lub też w opuszczonym młynie. Ostatecznie, po protestach ze strony George'a Harrisona, koncert odbył się na dachu londyńskiego studia, gdzie Beatlesi nagrywali piosenki.
Początkowo film nosił roboczy tytuł "Get Back", który zmieniono na "Let It Be" po ukazaniu się singla pod tym właśnie tytułem 6 marca 1970 roku.
Pierwotna wersja filmu, zaakceptowana przez Michaela Lindsaya-Hogga i Beatlesów, trwała 210 minut. Ostatecznie film skrócono do 81 minut, jednak bez konsultacji z Johnem Lennonem i Yoko Ono.
John Lennon miał za złe reżyserowi filmu, Michaelowi Lindsayowi-Hoggowi, usunięcie wielu scen z udziałem jego i Yoko Ono. Zdaniem muzyka, Lindsay-Hogg i kamerzyści faworyzowali Paula McCartneya, poświęcając mu niemal całą uwagę i pokazując go nieustannie w dobrym świetle. Także Ringo Starr czuł się urażony wycięciem scen ze swoim udziałem.
Po widocznej w filmie kłótni z Paulem McCartneyem, George Harrison wyszedł ze studia i dał upust swoim emocjom, pisząc piosenkę "Wah-Wah", którą umieścił na swym debiutanckim albumie "All Things Must Pass" wydanym w listopadzie 1970 roku. Po kolejnej sprzeczce, tym razem z Johnem Lennonem, Harrison opuścił zespół. Powrócił po tygodniu, gdy McCartney obiecał przenieść nagrywanie z Twickenham Studios do Apple Studio, co miało poprawić atmosferę w zespole.
W 2003 r. w studiu Apple przygotowano odnowioną, dłuższą wersję filmu, którą planowano wprowadzić na rynek na płytach DVD w czasie promocji albumu "Let It Be... Naked". Paul McCartney i Ringo Starr zdecydowali jednak, że ze względu na znajdujące się w dokumencie sceny ukazujące zespół The Beatles w niekorzystnym świetle premierę "Let It Be" należy odłożyć na później. Podobny los spotkał planowaną na 1992 r. przez Apple wersję na rynek VHS oraz zapowiedzianą na 1997 r. edycję firmy VCI.
Kręcenie filmu rozpoczęto w Twickenham Studios w Londynie w styczniu 1969 r. Studio okazało się jednak zbyt duże, co powodowało problemy z nagrywaniem dźwięku oraz z ogrzaniem pomieszczenia. Z tego względu, a także z powodu konieczności porannego stawiania się na planie, Beatlesi zdecydowali się przenieść nagrywanie do własnego studia Apple, znajdującego się w piwnicy kamienicy przy Savile Row w Londynie. Nowa lokalizacja okazała się jednak nieprzystosowana do nagrywania muzyki. Członkowie zespołu musieli od nowa urządzić studio nagraniowe, wypożyczyć sprzęt i wyłączyć hałaśliwe ogrzewanie, powodujące trudności przy rejestracji dźwięku. Drugie studio było dla odmiany zbyt ciasne, gdyż w jednym pomieszczeniu musieli przebywać Lennon, McCartney, Harrison i Starr, Yoko Ono i Linda McCartney oraz członkowie ekipy filmowej. Nie wpłynęło to dobrze na atmosferę w zespole, w wyniku czego efekty pracy czwórki były dla nich niezadowalające i album został odłożony na półkę.
Finałowa scena dokumentu, czyli koncert The Beatles z Billym Prestonem na dachu siedziby Apple przy Savile Row w Londynie, kończy się wyproszeniem zespołu przez policję ze względu na skargi sąsiadów. Beatlesi byli zawiedzeni, że policjanci ich nie aresztowali, co według członków zespołu byłoby świetnym zakończeniem filmu.